德川家光在殿内的咆哮，当然无法传递到他口中的‘汉寇’们的口中，当然实际上他们根本不会在乎德川家光到底会如何看待他们。
他们有更加重要的事情要做。
占领九州之后，虽然大汉朝廷之前答应了要将九州岛整个奉送给岛津一族，但是为了维持现在的占领地秩序，所以赵松仍旧命令九州岛现在的格局暂时不变，各个投靠大汉的藩主继续在领地内维持之前的统治秩序，所以在这些领地内秩序还算是严整。
但是在那些亲附幕府、举兵抵抗的藩主的领地内，因为藩主和家臣们大多数在大汉的兵锋之下要么死伤，要么就躲入山野当中惶惶不可终日，原有的统治秩序基本上突然就被摧毁了。
少量地方，因为有大汉军队的进驻，总算还维持着秩序，但是大汉军队毕竟有限，在大汉军队所未能触及的地方，因为原有统治体系的突然崩溃，出现了难以制止的动乱。
其中闹得最凶的就是九州西部和南部的那些藩国们，一来是因为大汉大军是从西部登陆进军、大量藩主和藩军在战争当中被杀或者逃亡，社会秩序突然崩溃，给了他们暴乱的空间；二来是因为之前被幕府和各藩严厉镇压的天主教徒们，终于等到了镇压力量削弱的时机，然后趁势而起，发动了暴乱。
这些暴乱，是从日野江藩等九州西部地区集中爆发的，因为无人制止很快就变成了熊熊烈火。
在战国时代，各地豪强互相征伐战乱不休，而这时代的西班牙人和葡萄牙人却已经开始在全球进行海洋扩张，为各自的国家寻求商业的利益。很快，这些西洋人发现了日本，并且和许多大名建立了商业来往，将自己的军火输入到了日本。
正因为有了大量从西洋输入的军火，日本的军事出现了突飞猛进的改变，而织田信长也借着军事变革的力量崛起，并且快速地统治了日本。
同时，随着商人的涌入，大量西洋传教士也来到了日本，并且开始向日本的各个阶层进行传教。因为这些西洋传教士掌握着知识和技术，很快就得到了许多大名的尊重，并且快速地就成为了座上宾，一些大名甚至还因为他们的传教而抛弃了原本的信仰，受洗礼成为了天主教徒。
而在与西洋人通商较多的九州，在那些下层平民当中，天主教传播的速度也非常快。这是因为在纷扰的战国时代，各个大名豪强要么有扩张势力的野心、要么是为了固守自保，都拼命扩充军队，并且为了维持军队，各个藩主和他的家臣团们莫不以各种手段压榨领内的农民，维持所需。
相较于当时已经变成了高级贵族和僧侣们统治工具的佛教，天主教人人平等的思想十分贴合于这些被残暴压榨的农民，让他们在痛苦的现实当中找到了一些精神慰藉。在传教士的引导下，他们很快就投入到了天主教的怀抱，九州出现了大量天主教民
而且，在残暴的压榨当中，广大平民衣食无着，而且反抗情绪也日积月累，在这种情况下，天主教既能够提供一种让他们联接起来的工具，也能够给他们提供另一种身份认同，让他们不觉得自己比领主的地位卑下。
在这样的情况下，天主教民在日本列岛四处发展，甚至蔓延到了上层，很快引发了日本最高统治者的警惕，决定限制天主教的传播，同时压服这些心怀不满的平民百姓。
丰臣秀吉下达了禁教令，而继承了丰臣秀吉事业的德川家康也几次颁布教令，宣布要清洗天主教徒，在幕府的高压下，大量天主教徒被迫改宗，少部分不愿意改宗的平民就要被杀死。
同时，战国时代的严厉压迫和苛捐杂税还是没有因为和平年代的到来而停歇。虽然在幕府的命令下，各藩的军事力量都被严重缩减了，但是无论是日野江藩还是福冈藩、抑或是九州其他地方的藩国，当年的税收一无所减，有些领主甚至还刻意地给农民在苛捐杂税之外再加了一些捐税，理由是“芝麻和农民都是越榨越有油。”
首先爆发天主教民的正是岛原藩，这里来自于信仰和剥削的压迫尤为严重。日野江藩之前的藩主是有马直纯，有马直纯从小在德川家康身边长大，又娶了德川家康曾孙女为妻，所以深得幕府信任。
在父亲死后，有马直纯继承了其父去当岛原领主。受宠若惊、感激涕零的有马直纯，虽然曾经受过洗礼也是个天主教徒，但为报答德川家康厚爱，他早已经毅然退教，而且发誓要秉承幕府将军的圣意，将天主、基督在藩内斩草除根。有马直纯一来到藩内就大开杀戒，将不愿弃教者活活烧死，并叫其他教徒现场观看。
后来，有马直纯因为得到了幕府的欢心，被转封到了日向国的延冈藩（也正是岛津家向北进兵时第一个灭掉的藩，他也在岛津家的兵锋下被杀死），而他的部下的藩臣和武士，差不多全数都留在本藩，只有极少数人随从前去。
而这时，到了日野江藩来上任的新领主是松仓重政，他之前是大和国五条藩的藩主，是因为在幕府攻打大阪的战事当中立了功，所以被从一万石的领地转封到了这里。
他也是一个对领民十分残暴的领主，到此了藩内就藩之后，他不满藩城简陋，于是大兴土木要钱要工来修建新的藩城岛原城。
于是，岛原城附近的藩民们就受到了更加难以忍受的双重苦难——不准信仰天主教，还要无休止地出钱出工。不愿弃教者不仅遭到汤浇、火烧、投入大海，而且，还被丢进云仙温泉硫磺火山口活活熏死。不仅如此，为了维持藩内的财政，松仓重政制定租税也极其苛刻，农民种一棵烟草，收获烟叶的一半要上缴；其他种植的农作物也要被大部分征收，变成领主的财产。
另外，在来到这里赴任的时候，他还带来了近于全部的他的原有部属。这些亲附于藩主的藩臣们，马上就占据了藩内所有的职位。
而旧领主有马直纯的部属们，也就失去了原本的俸禄，并且被排除出了统治阶级之外。他们迫于生活，只能靠种田养活自己的妻子儿女，变成了藩内的农民。不过这些人虽则名为农民，实际上却是熟习武艺的战士，也成为了危险的种子。
在藩内藩民的辛苦血泪当中，新的藩城岛原城总算建好了，从那时候起日野江藩就该名称为了岛原藩。
可是在松仓重政死后，他的儿子、继承了藩主之位的松仓胜家并不以此为满足，他和父亲一样残暴不仁，对这些新农民和其余的农民，一再加重赋税，逼迫农民缴出他们所不可能负担的高额贡米，以便维持自己和藩城的生活，以至于农民只能吃树皮草根以充饥。
为了方便催逼藩民，他以下令，将那些没有缴出钱粮的农民，穿上“蓑衣”受刑。“蓑衣”是用粗草编成的，这种草有着长而阔的叶子，船夫和农民们一般都将蓑衣用作雨衣。
受刑时，蓑衣捆在农民的颈上与身上，另用绳索反绑双手，然后在蓑衣上点起火来。受刑的人，不仅烧伤，且有烧死的；有的人在燃烧时，狂窜乱跳碰地而死，有的人在燃烧时，跳水丧生。这种令人不忍卒睹的惨剧，就被他叫做蓑衣舞，并且很得他的欢心。
可想而知，这样的残酷压迫会引发多少愤慨和不满，藩民们一直忍受着这样的暴政，但是一有机会就会想要反抗，摆脱这样暗无天日的日子。他们觉得与其眼看折磨致死，还不如一下子拼命而死。
农民们生活在死亡边缘，已经沉寂很久的天主教信仰随之再度抬头，秘密信教以逃避残酷现实的百姓越来越多。此事为松仓胜家所查知，就在领内搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他们举行“踏绘”的仪式。所谓“踏绘”，是指将刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑为教徒者用脚去踩，肯乖乖从命的定非天主教徒，或者虽是教徒却有心悔改，否则就将被处以火刑。
在这样的情况下，原本就已经十分激烈的矛盾至于无法控制了，藩内开始出现零星的骚乱，眼看就要演变成战国时代的一揆暴动了。
正当藩内的矛盾已经鼎沸，即将达到要爆发的程度时，大汉的军队也打过来了，在大汉的兵锋面前，福冈藩、久留米藩、小仓藩等等大藩不堪一击，很快就被打得狼狈鼠窜，最后被统统予以消灭，而岛原藩虽然不是大汉的攻击方向，但是藩内也极受震动。
藩主松仓胜家虽然在接到了幕府的命令之后就召集了藩兵到藩城集结，但是他在看到了这些大藩出兵抵御大汉军队，并且一触即溃的下场之后，早已经是心惊胆战，哪里还有再和大汉大战的勇气？
不过因为世代受幕府恩惠、而且情势不明朗的缘故，他也不敢向大汉投降，思前想后，觉得走投无路的他干脆做出了逃亡的决定。在大汉四处进兵，并且把幕府老中内藤忠重包围在久留米藩城内的时候，他带着自己的一群藩臣直接从逃跑，从此不知所踪。
几乎在他从藩内逃离之前，藩中的教民就已经开始举事了，因为藩内的藩臣武士们大量逃亡，再也没有人制止他们，这些藩民很快就占领了几乎整个岛原藩，并且将岛原城当成了自己的据点。
岛原藩的教民起事成功之后，消息很快就传遍了九州的西部和南部，各地的天主教民也纷纷起来响应，很快就变成了席卷一方的熊熊烈火，而当时因为大汉军队还在忙于攻击幕府军队尽快结束战事、其他的藩主也纷纷参觐大汉将军，并且带着自己的藩兵参阵，一时间无人镇压，竟然让这种教民一揆出现了星火燎原的气象。
不过，等到大汉军队打下久留米藩城、老中内藤忠重和藩主有马忠赖自杀殉国之后，大汉和这些亲附于大汉的藩主们，终于可以腾出手来解决这个问题了。
大汉最初并不想要在这种镇压平民暴乱的小规模低烈度战争当中浪费自己的兵力，所以只是下令各藩出兵镇压教民，而各个藩主们为了在大汉面前讨好，也纷纷派兵参阵，南下或者西向镇压。
最初镇压的战事还算顺利，但是很快，在打到了岛原藩境内的时候，镇压军队就遭遇到了激烈的抵抗，最后竟然难以有寸进，战事变得胶着了起来。
虽然这些暴乱的天主教民当中有些是旧日岛原藩的武士，但是经过了多年的平民生活后他们的军事技能早已经退化，再加上这些教民的武器装别也十分低劣，大部分人甚至只能用锄头、锹镐来抵御敌人，可就是这样也还是抵抗住了各藩联军的进攻。
这一来是因为这些教民早已经受够了残酷的信仰和阶级压迫，导致他们心中仇恨很深，士气高昂，甚至有些人是杀了自己家人之后再起来暴乱的，早已经存了死意；二来是因为各藩藩军在几十年的承平之后早已经战力退化，更无死战之心；三来是因为各藩藩军谁也不服谁，难以做到有效的统御指挥，都只想着保存自家的实力。
看到这些藩军居然镇压平民暴乱都这么吃力，大汉征日军高层自然十分震动，就连赵松和严广都为之恼怒不已——他们原本是打算借用这些藩军北上进攻京都的，如今看到他们居然战斗力如此拙劣，如何不气？
不过，在他们想要严词呵斥这些藩主命令他们继续加紧进攻、同时准备派大军协同镇压的时候，大汉使臣周璞主动请缨前往岛原前线，以自己的权威来统一指挥这些藩主和藩军，同时他认为大汉军队最好不要把兵力浪费在这种地方，只需要派一小部分军队跟随自己压阵就可以了，主要还是继续驱使这些藩军来进行镇压。
周璞日后是打算亲自带着这些藩军北上的，他想要借着这个机会，在这些各藩的联军当中先建立一个由自己来统一指挥的体系，顺便练练兵，以免到时候手足无措。
他的建议很快就被采纳了，在赵松的亲自命令下，一支小规模的军队协同周璞一同来到了岛原藩内。
当周璞来到了前线之后，他马上将各藩的藩主召集了起来，首先严词呵斥了他们，并且转述了大汉将军的态度，告诉他们现在他们都要戴罪立功，如果接下来的战事还是不顺的话，大汉将军就要来治罪了。
这些藩主们听到这样的话之后自然惊惧不已，纷纷表示请天使从中说项、并且表示自己接下来将尽全力死战，一定要早日镇压下这些天主教民。
吓唬了他们一通之后，周璞再下令重新编合这些藩军，并且让这些藩军直属于自己的统辖之下，同时他还将老将立花宗茂作为自己的副手，协同自己指挥这些藩军，同时命令各级藩军不管来自于哪个藩，都必须服从自己和立花宗茂的命令。
周璞之前是文官，并没有打过仗，所以他并不打算自作聪明胡乱指挥，他跟赵松讨要了几位参议军官作为自己的智囊，而赵松也十分慷慨大方，将自己的亲信、辽东团的参议军官黄国昌调配到了他的手下。
有了黄国昌和立花宗茂的辅佐，周璞又有大汉天使的权威，再加上各藩藩主深怕大汉将军治罪，所以他对藩军的整编倒也是十分顺利，短短几天之内就让这些藩军统辖到了自己的属下。
而在他重新整备这些藩军的时候，岛原藩的地界上也难得地出现了暂时的平静。
在这短暂的平静当中，这些天主教民们也兴起了侥幸之心。
他们派出了使者来到了藩军阵前，并且求见了周璞，表示他们并不愿意与大汉交战，现在只是为了保命而不得已为之。使者的言辞十分哀恳，屡屡哭诉之前幕府和藩主对他们的压迫，宣称他们和幕府以及藩主仇深似海，绝对不会去为了幕府和大汉为敌。
他们要的条件也很简单，只要大汉愿意放过岛原藩内的天主教民、并且让他们自治，那么他们愿意投降并且归顺大汉，决不和大汉为敌。
然而，周璞却直接拒绝了他们的要求。
虽然一直都在引进西洋技术和工匠，但是大汉对天主教本身就十分警惕，一直都不允许西洋传教士自由传教，若是他在这里答应了这些教民，传回国内应该怎么向朝廷交代？
另外，他们打过来的时候就宣传是为了朝廷和各藩的利益去讨伐幕府，这样才能得到各藩的归顺效劳，若是任由天主教民造反暴乱，那各藩疑惧之下又怎么可能真心和大汉合作？
所以尽管使者说得声泪俱下，并且严词凄切，但是周璞仍旧不为所动，他直接命令使者回去告诉教民们的首领，三天内必须投降，并且全体放弃对天主教的信仰，否则就将玉石俱焚！
他的要求被藩内的教民首领拒绝了，于是一场血腥的镇压也就势不可免了。