在行星哥斯拉的光环射线的破坏下，行星哥斯拉周围几十公里范围被彻底扫平。原本郁郁葱葱的森林植被瞬间化为灰烬，坚固的岩石丘陵被炸得粉碎，地面上留下了巨大的坑洞和裂缝。生命迹象全部消失，仿佛这片区域从未有过生命存在一般。
此刻，入目可见的只有硝烟弥漫的荒凉土地以及渐渐散去的高温。整个场景宛如末日降临，让人感受到无尽的绝望与恐惧。
见几只碍事烦人的小虫子被驱赶远离不能再烦自己，行星哥斯拉站直身体，再次迈开巨大的步伐，继续朝着增殖都市前行。它那庞大的身躯每一次移动都会引起地面的震动，仿佛大地都在颤抖。
然而，这次行星哥斯拉并没有像之前那样频繁地释放能量射线攻击。也许是因为它匆忙从睡眠中苏醒，能量还没有完全恢复；也可能是刚才的光环射线已经耗费了它不少能量。但无论如何，它仍然坚定地向着目标前进，似乎不把增殖都市彻底毁灭就绝不罢休。
当行星哥斯拉进入增殖都市的时候，也逐渐靠近了作战部队利用增殖都市制造的陷阱。当行星哥斯拉踏入陷阱的同时，位于增殖都市控制中心里的毕鲁萨鲁多人立刻启动了陷阱。高大的纳米金属围墙拔地而起，将行星哥斯拉包围起来。
四面围墙一体形成了一个封闭空间，大量的液态纳米金属从围墙上倾泻而下，很快淹没了行星哥斯拉的双腿。接着，液态的纳米金属快速凝结成固态，死死禁锢住了行星哥斯拉的双腿，令它无法挪动脚步。
眼看着行星哥斯拉被困住，围墙上升起之前部署的武器，对着行星哥斯拉的背鳍开始了强大的火力轰炸。吼！行星哥斯拉怒吼，但却无法挣脱固态纳米金属的禁锢。围墙上部署的强大火力很快破坏了行星哥斯拉背鳍，令行星哥斯拉的防护屏障暂时失效了。
趁着行星哥斯拉防护屏障暂时失效，之前准备用来终结行星哥斯拉的电磁脉冲鱼叉也已经到位。“发射！”随着控制中心里毕鲁萨鲁多人的一声令下，两根巨大的电磁脉冲鱼叉发射，如同一道闪电般划破天际，带着毁灭一切的力量，从后鳍扎进了行星哥斯拉的体内。强大的电磁脉冲瞬间打入行星哥斯拉的身体里，如同一场狂暴的风暴席卷而过。
行星哥斯拉遭受重创，发出痛苦的嘶吼声，庞大的身躯轰然倒地。然而，令人意外的是，它并没有像之前的亚种一样发生爆炸，而是不断散发出惊人的高温。从行星哥斯拉身体里释放出的热量极其恐怖，仿佛要将整个世界都燃烧起来。
它的身体颜色从原本的墨绿色迅速转变成炽热的橘红色，犹如烧红快要融化的钢铁又或是火山爆发流出的有些冷却的岩浆。这股高温甚至连周围的空气也被点燃，形成一片熊熊燃烧的火海。整个战场陷入了极度的灼热之中，让人难以忍受。更加令所有人惊惧的是，就连用来禁锢行星哥斯拉的固态纳米金属和插进行星哥斯拉身体里的电磁脉冲鱼叉也无法承受这股高温，开始逐渐融化。
“这到底是怎么回事？”所有人都十分诧异，经过仪器的扫描，原来是因为电磁脉冲鱼叉打进行星哥斯拉体内的电磁脉冲不够导致了这一切。原本的作战计划里，是要给行星哥斯拉打入四根巨大的电磁脉冲鱼叉的，可是因为行星哥斯拉的荷电粒子炮的破坏，导致两根电磁脉冲鱼叉的发射器失灵，只有两根电磁脉冲鱼叉可以正常使用发射。可是仅仅两根电磁脉冲鱼叉根本不能引爆行星哥斯拉的身体，反而给行星哥斯拉的身体里注入了足量的电磁脉冲，这些电磁脉冲在行星哥斯拉的体内转换成了电磁波把行星哥斯拉变成了一个功率巨大的微波炉，巨量的电磁波正在源源不断制造热量。面对这极端的高温，无论是秃鹰战机还是增殖都市的武器根本不可能靠近。
此刻，摆在眼前的只有两条路：一是静待行星哥斯拉从沉睡中醒来，待其体内过剩的热能转化为能量射线并喷发而出时，但是增殖都市可能会因此而毁灭，同时，这意味着此次行动以失败告终，且再无应对行星哥斯拉的方法。二是冒险冲入高温区域，主动引发行星哥斯拉体内的能量爆炸，以期将其彻底消灭。但行星哥斯拉体表温度极高，即使有秃鹰战机的保护，人类那脆弱的碳基生物躯体也难以承受。唯有与构成秃鹰战机的纳米金属同化，才有一线生机。可同化之后，人类还能保持自我吗？晴生陷入了深深的纠结与抉择之中。
可惜，毕鲁萨鲁多指挥不愿意给晴生时间犹豫，而是立刻通过自己驾驶的秃鹰战机发出指令，让纳米金属强行侵蚀同化自己、晴生和那个不知名龙套。很快，随着交流频道里毕鲁萨鲁多指挥和不知名龙套的惨叫，毕鲁萨鲁多指挥与不知名龙套完成了同化，晴生在被纳米金属包裹马上要被侵蚀同化的时候，纳米金属突然停止动作。晴生挣脱纳米金属的包裹，像是碎片一样的纳米金属从晴生身上脱离，晴生低头检查，原来是自己身上涂抹的魔斯拉鳞粉保护了自己不被纳米金属侵蚀同化。
就在晴生懵逼的时候，艾克西夫人梅德菲斯偷偷给晴生打来通讯。梅德菲斯警告晴生，如果增殖都市消灭了行星哥斯拉，那么增殖都市下一步就是用纳米金属侵蚀同化整个地球。听完梅德菲斯的警告，晴生经过权衡利弊，作出决断，阻止纳米金属吞噬同化地球。晴生操纵秃鹰战机，把枪口对着另外两架秃鹰战机，将它们击落。接着调转枪口，开始攻击增殖都市的控制中心。随着控制中心的毁灭，增殖都市停止运转。此时，通体橘红点缀黑色如同岩浆构成的行星哥斯拉苏醒了过来。
宛如岩浆巨兽的行星哥斯拉就像从地狱深处爬出来的恶魔一般，面容狰狞恐怖，令人毛骨悚然。当它开始积蓄力量准备发射荷电粒子炮时，原本蓝色的等离子能量光圈竟然变成了深紫色。紧接着，一道同样是深紫色的荷电粒子炮喷涌而出，如同一道毁灭之光，瞬间将增殖都市笼罩其中。
轰！伴随着荷电粒子炮的肆虐，爆炸声此起彼伏，增殖都市中的建筑和设施纷纷被摧毁，化为一片废墟。随着荷电粒子炮的释放，行星哥斯拉体内的能量得到了宣泄，身体温度开始逐渐下降。
当增殖都市最终被行星哥斯拉的荷电粒子炮彻底摧毁时，整个城市已经变成了一片荒芜的废墟。就连构建这座增殖都市的无数纳米金属也被荷电粒子炮湮灭，彻底消失。存在了两万年的增殖都市除了人类的记忆和荒凉的空地，再无存在过的证据。当行星哥斯拉身体里的能量被宣泄一空，行星哥斯拉也恢复到了最初的形态，仿佛什么都没有发生过。然而，可能是由于过高的温度对其身体组织造成了极大的损伤，行星哥斯拉在毁灭增殖都市后，再次陷入了沉睡之中。
或许它需要时间来恢复和积攒能量，又或许是为了养伤。但无论如何，人类针对行星哥斯拉的第二次作战以失败告终。