天启六年（1626年）三月，袁崇焕因功升至辽东巡抚，负责辽东及山海关等地的防务，并开始经营关宁锦防线。袁崇焕刚开始不想要赏赐，后明熹宗坚持原意。然而，魏忠贤见其地位上升，于是增加提防，并派遣其亲信太监刘应坤、纪用到宁远监军。袁崇焕上疏反对，但不被采纳。后朝廷为安抚袁崇焕，提升其为兵部右侍郎，并提高了军饷，子孙世袭锦衣千户。在此时，满桂因为宁远之战中赵率教未能亲自援救而互相指责，袁崇焕与满桂之间产生激烈冲突，由于明朝重视文官，所以袁崇焕上奏请求将满桂调走去镇守其他城镇，于是满桂被召还北京。而当时经略王之臣极力反对，并请求朝廷命其镇守山海关。朝廷为了缓和各方矛盾，命令王之臣专守关内，而关外士兵将领皆由袁崇焕派遣。之后袁崇焕自己却后悔了，请求朝廷按照王之臣谏言。满桂遂被调遣镇守山海关，并持尚方宝剑、统领关内外部分军队。
而让皇太极没有想到的是袁崇焕给皇太极抛来的却是橄榄枝，他想和皇太极议和，这下可把皇太极给搞蒙了，这是什么套路，其实袁崇焕并不是真的想议和，他只是想拿空间换时间，让关宁锦防线日趋稳固。但是这点小伎俩皇太极是看得出来的，他是什么人那么精明，而且当时的后金也需要休养生息，父汗刚刚去世，剩下还有三大贝勒成天捣乱，外面还有朝鲜这个兔崽子成天挑衅，如果能以和谈为缓兵之计那确实再好不过了，拖住明朝我就先打朝鲜。其实双方都知道是怎么回事。就在双方都假装议和的时候袁崇焕开始经营他的关宁锦防线，为了抢占时间，南北两段同时施工。以锦州为先锋，宁远为中间，山海关为后盾，又以各个锁城碉堡作为联络，并且配上红衣大炮，而且还有马匹火器还让当地军民一起屯田，以民养战，这样的话就把整个关宁锦形成了一气呵成纵深400里的防线。袁崇焕的方式很简单凭城用炮，简单点说就是你我在城墙上拿炮轰你，因为野战我打不过你，我也不跟你打，所以我就这么拿炮轰你。除非你不打我，否则定叫你有去无回。
而这个时候皇太极让自己的哥哥，也就是二贝勒阿敏率领3万金国铁骑就去征朝鲜去了，朝鲜管这场战役叫丁卯胡乱，这其实是一场没有悬念的战争，当时的朝鲜打不过小日本，小日本又让明朝给揍了，明朝又打不过后金，所以收拾这帮朝鲜小崽子那不是手拿把攥的吗，朝鲜当时有个叫安州的直接被屠城。
平壤成了一个空城，数十万百姓死于战火，国王先跑了跑到了江华岛，要不是这个岛让朝鲜王与后金士兵一江相隔，这个朝鲜王估计就挂了，朝鲜王一看这也太猛了，我认你当老大了我不效忠明朝了，于是同后金签下了盟约，这个时候皇太极认为朝鲜的问题已经解决了，那就开始跟明朝开战吧。
天聪元年皇太极率大军来到广宁，皇太极调整部队分进合击，他亲自率领两黄旗和两白旗为中路，直取大凌河，代善和阿敏率领两红旗和镶蓝旗直取锦州，莽古尔泰率正蓝旗兵马拿下右屯卫，其中中路和右路很快就攻克了，于是三路大军合兵一处，直达锦州，距离锦州城一里四面扎营，把锦州给围住了。
皇太极先叫使者去劝降，守锦州城的是袁崇焕手下大将叫赵率教，根本就不吃这套，说城可破不可说也，就是说你要打你给我打下来，但是靠嘴巴说让我投降是绝对不可能的。你先让我看看你啥实力再说投降的事情。给皇太极气的一看，这家伙的是个茬子啊 ，那就让你见识见识我的威力。于是下令从西北两个方向发起猛攻。但是这个赵率教师从袁崇焕就是凭城用炮，这仗跟宁远之战没啥太大区别，从早上七八点钟打到了晚上七八点钟，久攻不下，于是皇太极下令撤兵，并且连夜派人会沈阳调援兵。
于是第二天，皇太极又三次派使者劝降，你说这可能吗，赵率教说你快歇歇吧，你都打不过我还让我投降，天下有这样的道理吗，后来干脆使者都不让进了。皇太极一看这不行啊，既然不投降我还进不去那就诱敌出来吧，但是你皇太极想到的，他袁崇焕也想到了，凭城用炮，就这四个字基本上刻在了赵率教心上了，所以不管皇太极怎么叫阵，就是一个两个字，不理，这就让皇太极很郁闷了。连续攻打半个月，一点没用。这时候沈阳的援军已经到了，皇太极留下一小部分继续围困锦州亲率大军去打宁远了，其实这个时候袁崇焕已经派宁远的守军去支援锦州了，一听怎么的，打我来了，于是下令让支援的迅速回来，布置战车火炮，袁崇焕登城而守，总兵满桂离城二里扎营。皇太极一看这个离城太近了不利于骑兵作战，我去打他还得挨炮炸。于是下令退回山岗，观察观察再说。
这个时候的大贝勒代善，二贝勒阿敏，和三贝勒莽古尔泰都劝皇太极，还是谨慎点，别忘了老汗王的教训，皇太极当时就怒了说攻城我打不过他，野战我要是再打不过他，那我大金还有什么军威啊，于是下令开始进攻。这历史啊，是惊人的相似，就在皇太极进攻的时候，城上的明军就是用大炮一顿猛轰，而且这时候锦州的明朝军队也去打皇太极去了，皇太极一看这样腹背受敌我讨不到什么便宜，打了二十四天后下令回师沈阳。
论功行赏袁崇焕这时候最起码可以官居二品，但是没有得到应有的赏赐，为啥呢，因为现在朝中说的算的是魏忠贤，魏公公不待见他，于是袁崇焕愤而辞官，我不陪你们玩了。
就这样后金最大的敌人被自己人给拿掉了。皇太极如果知道是这个结果就不着急退兵了，反正退兵就退兵了，正好我可以休养生息。