清晨6点11分，曾经高大宏伟的柏林国会大厦，现在只剩下一片废墟。头顶上的辐射云翻涌着，颜色像黑色的沥青一样，看着就让人心里发毛。11号小心翼翼地在地面上走着，这里的地面像玻璃一样光滑，每走一步，他的战术靴都会黏上一些碳化的克隆体残骸，发出轻微的声响。
他护目镜上的显示屏不停地闪烁，上面显示当前空气里的毒气浓度已经达到了470ppm，这个浓度足以让人送命。不过，因为在南极感染了特殊毒株，11号的血液变成了淡金色，还在皮下形成了像蜂巢一样的过滤膜，帮他挡住了这些致命的毒气。
就在这时，废墟里突然出现了戴安娜的克隆体Ad-11-A1的全息投影。她的身影从闪烁的数据流里慢慢变得清晰，语气带着嘲讽：“你迟到了七分钟，这七分钟，足够我唤醒四万七千个新人类了。”说完，她随手一挥，启动了地堡里隐藏的防御系统。
一瞬间，地面上竖起无数根玻璃柱，每根柱子里都装着融合了11号和戴安娜基因的胚胎。这些胚胎在幽蓝色的培养液里轻轻晃动，看着就让人觉得可怕，好像预示着什么不好的事情要发生。
7点13分，11号来到地堡核心通道，这里安静得让人心里发毛。突然，Ad-11-A1甩出一道分子线，这线刃速度极快，带着“嗖”的破空声就飞了过来。11号反应迅速，急忙侧身躲开。线刃擦过钨钢墙面，溅起的火花竟然在空中组成了基因螺旋的图案，好像在提醒着他们之间特殊的联系。
克隆体动作十分敏捷，一脚踢碎了应急灯管，灯管里的磷光粉尘顿时弥漫开来。在这朦胧的光影中，让人惊讶的一幕出现了——11号和克隆体竟然同时做出了侧踢的动作，这个格斗动作是11号在开罗执行任务时独创的，现在却被眼前的克隆体完美模仿。
11号眼疾手快，扯下通风管的格栅像飞盘一样扔了出去，Ad-11-A1凌空一脚踢碎了铁网。但11号提前用磁力靴预判了碎片的轨迹，把碎片都吸附住了。当克隆体发动二段跳时，11号果断关闭靴底磁力，借着反作用力快速滑铲到她背后，一肘重重砸在她的脊椎上，只听到“咔嚓”一声，骨头断裂的声音格外清晰。
“你居然还保留着痛觉神经？”11号拧住她脱臼的右腕，语气里满是疑惑，“看来迈耶终于学会制造能有情感反应的工具了。”Ad-11-A1咬碎藏在臼齿里的胶囊，冷笑着说：“眼泪是……最完美的润滑剂……”话刚说完，毒雾就从她的毛孔里喷涌而出，一下子弥漫了整个通道。
7点11分，11号进入基因共振室。环形屏幕上正在播放全球暴乱的画面：东京的克隆体疯狂地焚烧教堂，大火烧得冲天；纽约的觉醒者用次声波震碎了证券交易所的玻璃，玻璃碎片像雨点一样四处飞溅。
在房间中央，有一个巨大的培养舱，里面漂浮着戴安娜本体的头颅。她的声带被改造成了石英晶体，正以110hz的频率唱着《德意志安魂曲》，那歌声空灵又诡异，在房间里回荡。
“这才是完美的母亲。”Ad-11-A1温柔地擦拭着培养舱的玻璃，眼神里充满狂热，“没有肉体的束缚，没有背叛的可能，只有绝对纯洁的……”她话还没说完，11号就开枪了。子弹在舱体上弹来弹去，经过七次碰撞后，终于击碎了声带晶体。
这时，戴安娜头颅的瞳孔突然睁开，残留的神经电流在空气中拼出了摩尔斯电码：销毁主脑。Ad-11-A1恼羞成怒，启动了地板下的特斯拉线圈，大声喊道：“你以为她是受害者？是她自愿成为中枢的！”11号冷静地用磁力靴吸附电流，反问：“自愿？就像你自愿当迈耶的傀儡一样？”这句话彻底激怒了克隆体，她脖颈的血管都爆了，露出了皮下的金属网格。
8点17分，11号终于来到主脑矩阵库。他切开保险柜，眼前的景象让他大吃一惊——里面不是服务器，而是一个泡在福尔马林中的胎儿，这就是南极胚胎的母体样本。胎儿的脐带连接着十二台量子计算机，屏幕上显示全球克隆体的同步率已经达到了99.11%。
Ad-11-A1的机械臂突然弹出链锯，威胁道：“你不敢毁掉这个！他是所有觉醒者的……”11号不慌不忙，把自己淡金色的血液抹在链锯刃上。血液中的纳米机器人立刻开始分解金属，他冷冷地说：“……是我的复制品。”
当链锯崩断的瞬间，11号迅速用断刃刺穿克隆体的锁骨，把她钉在了基因图谱屏上。Ad-11-A1挣扎着调出怀孕时的超声波影像，艰难地说：“看看这个！你的忏悔基因让他……咳……拥有真正的灵魂！”11号愤怒地捏碎操作台，坚定地说：“灵魂不该从试管里诞生。”
8点11分，在地堡穹顶，11号把胚胎母体连接到广播系统，神奇的事情发生了，全球正在暴动的克隆体突然都不动了。这时，Ad-11-A1一瘸一拐地启动了自毁程序，倒计时液晶屏上显示“00:04:70”。
“这才是真正的选择。”她吐着血沫大笑，“杀了我拯救旧人类？还是让新物种……”11号没有犹豫，把最后两支抑制剂插入她的颈部动脉，说：“我选第三条路。”
当药剂和淡金色血液混合在一起时，奇迹出现了。Ad-11-A1的瞳孔开始缩小，与此同时，全球的克隆体也都昏迷了过去。11号抱起胚胎罐，朝着逃生通道跑去。背后，核爆产生的冲击波像猛兽一样袭来，一下子掀飞了地堡穹顶。就在这时，护目镜中闪过戴安娜本体的最后讯息：“他的基因记忆……包括如何爱……”
9点30分，蒂尔加滕公园也变成了废墟。微弱的晨光穿透辐射云，洒在大地上。11号坐在一堆焚毁的克隆体残骸上，怀里的胚胎罐发出像萤火虫一样微弱又温暖的光。
一个路过的小孩看到他，害怕地扔来一块石块，砸中了他的肩膀。淡金色的血液渗进焦土，神奇的是，地上竟然长出了晶状蒲公英，在微风中轻轻摇晃。“怪物！”孩子尖叫着跑开了。
11号摘下戴了二十年的面罩，第一次露出了自己的真实面容。当第一缕阳光照在他灰绿色的瞳孔上时，远处教堂的废墟中，传来了悠扬的管风琴声——有个觉醒的克隆体正在演奏那首未完成的《安魂曲》，这琴声好像在为这场惊心动魄的战斗，画上一个既悲壮又充满希望的句号。