万仙皇朝尚未从极北冰渊的战役中恢复，三界边境再度告急。林凡端坐混沌天宫九龙宝座，看着悬浮在半空中的三面水镜——西方荒漠赤地千里，烈焰裂缝中岩浆翻涌；南海漩涡深不见底，魔影幢幢；东方森林妖气冲天，古木成精。三面水镜映出的危机，让满朝文武神色凝重。
陛下，武曌手持玉笏出列，凤目含威，西方赤焰裂缝三日蔓延百里，镇西军死伤惨重。南海漩涡吞噬了三支巡海舰队，东海龙女重伤昏迷。东方万妖暴动，精灵族求救信使已至宫外。
林凡指尖轻叩龙椅，目光扫过殿下众妃。西施抚琴的手微微发颤，九天玄女银甲染尘，嫦娥月裳沾血，新来的冰璃公主面色苍白——连番征战，所有人都已到了极限。
传朕旨意。林凡起身，玄色帝袍无风自动，兵分三路：九天玄女率三万天兵赴西方镇守烈焰裂缝；嫦娥携月宫精锐支援南海；朕亲征东方，会一会那万妖之祖。
不可！西施琴音骤停，陛下万金之躯，岂可轻涉险地？
武曌也劝谏：三线作战乃兵家大忌，不如集中兵力击其一路。
林凡摇头，指尖点向水镜：你们看，这三处裂缝的方位，暗合天地人三才阵势。若朕所料不差，这是有人布下的局。他目光渐冷：既然对方划下道来，朕便接招！
三军开拔当日，异变突生。西方荒漠的烈焰裂缝中冲出漫天火鸦，为首的火凤竟口吐人言：林凡！本王等你多时了！南方漩涡升起万丈巨浪，浪尖立着魔蛟皇：今日便是你的死期！东方森林万妖咆哮，妖祖现出吞天巨树本体：混沌源核，当归本祖！
最令人心惊的是，三路妖魔竟同时结阵，天地人三才大阵笼罩皇朝，竟要一举炼化万里山河！
中计了！九天玄女银枪顿地，这三处裂缝本就是诱饵！
武曌急令：快请陛下回援！
但为时已晚。三才大阵已成，皇朝疆域被血色光幕笼罩，万物凋零。西施焦尾琴弦尽断，武曌玉笔粉碎，连女娲娘娘的补天石都出现裂痕。
危急关头，林凡却仰天长笑：好个三才炼仙阵！可惜你们算漏了一点——他祭出轩辕剑，剑锋直指苍穹：朕的混沌源核，最擅长的就是破阵！
原来林凡早已看破阴谋，将计就计。他暗中令冰璃公主潜入极北，取来玄冥界的太阴真水；让嫦娥收集南海深处的玄阴真冰；命九天玄女取得西方地心的太阳真火。三样本源之力汇入混沌源核，竟在阵眼处撕开一道缺口！
就是现在！林凡长啸一声，与三路妃嫔里应外合。西施以琴音为号，武曌调度全军，九天玄女枪破苍穹，嫦娥月华普照，冰璃玄冰封天......众妃各展神通，三才大阵剧烈震荡。
但妖魔联军实力远超预估。火凤喷出焚天烈焰，魔蛟掀起灭世海啸，妖祖根系深入大地，竟要吞噬整片大陆的本源！林凡独斗三大妖魔首领，轩辕剑斩破虚空，却难敌联手之威。
陛下！危难时刻，西施竟燃烧本源，焦尾琴化作凤凰冲入阵眼；武曌祭出传国玉玺，以皇朝气运硬抗妖魔；九天玄女人剑合一，枪出如龙......众妃纷纷拼命，鲜血染红战袍。
林凡目眦欲裂，混沌源核疯狂运转。在极致愤怒中，他忽然悟通《混沌开天诀》最终奥义——以身化道，重塑乾坤！他长啸一声，身形化作万丈巨人，一掌拍向三才阵眼。
轰——！
天地失色，日月无光。当光芒散尽，三路妖魔尽数伏诛，但林凡也坠落云头，生死不知。
三个月后，林凡在混沌天宫醒来时，发现西施鬓角染霜，武曌容颜憔悴，九天玄女银甲破碎......众妃为救他，皆损耗百年修为。而更可怕的是，水镜显示，三界裂缝正在重新扩大，幕后黑手即将现身......