返回彩虹海后，众人立刻投入到战后重建中。卡伦带着机械族的工程师修复受损的战舰和“流星三号”，将黑暗核心的碎片融入飞船的能量系统，使飞船的防御能力提升了两倍；莉娜则根据麦林意识虚影留下的线索，解读旧神文献中关于“平衡之核”的记载；阿瑞斯则召集守护者文明和机械族的高层，召开紧急会议，商讨应对黑暗议会残余势力的方案；影风则带着虚空返回裂隙行者的圣地，帮助虚空老人清理族内的叛徒，重新整合裂隙行者的力量。
麦当每天都会握着意识定位符，尝试与麦林的残留意识沟通，但定位符只偶尔会发出微弱的金色光芒，无法传递具体的信息。在一次沟通中，定位符突然投影出一段模糊的影像——那是一片金色的空间，空间中央悬浮着一颗黑白交织的晶体，正是平衡之核。影像中，麦林的声音带着断断续续的回响：“平衡之核……在多元宇宙的‘起源星’……那里是旧神文明的诞生地……有维度主宰的……初始能量……”影像消失后，定位符的光芒彻底黯淡，显然是能量耗尽了。
“起源星？旧神文献中记载，那是多元宇宙诞生时形成的第一颗星球，位于多元宇宙的边缘，被‘时空风暴’包围，从来没有人能成功抵达。”莉娜拿着文献的翻译稿，眉头紧锁，“文献中还提到，起源星上有旧神留下的‘时空导航仪’，能稳定时空风暴的能量，但导航仪的能量核心在第三次宇宙战争中遗失了，据说落在了‘元素星球’的核心区域。”
“元素星球？我知道那里！”咕咚突然开口，他的机甲正在进行最后的修复，“元素星球是多元宇宙中元素能量最浓郁的星球，分为火、水、风、土四个区域，核心区域是‘元素漩涡’，里面的元素能量乱流能轻易撕碎战舰。当年我父亲的舰队曾去过那里，试图开采元素水晶，结果损失了一半的战舰。”
就在这时，彩虹海的警报系统突然响起，红色的警示灯照亮了主控室。卡伦的全息影像慌张地出现：“不好了！彩虹海的外围出现了大量的空间裂缝，裂缝中涌出了黑暗生物，是黑暗议会的残余势力在破坏彩虹海的空间结构！”众人急忙跑到了望甲板，看到彩虹海的星云外围，无数黑色的空间裂缝正在扩大，裂缝中钻出体型巨大的黑暗生物，它们的身体由黑色能量构成，正朝着彩虹海神殿冲来。
“是卡俄的‘黑暗造物’！”祭司虚影的声音从平衡起源剑中传来，“这些造物是用黑暗能量和生物意识融合制造的，没有自我意识，只知道破坏。它们的目标是宇宙之心，只要污染了宇宙之心，彩虹海就会变成黑暗议会的据点！”阿瑞斯立刻拔出本源之剑，金色的净化能量爆发：“守护者舰队全员出击！机械族舰队负责掩护神殿！麦当，你带着伙伴们保护宇宙之心！”
麦当握紧平衡起源剑，看着冲来的黑暗造物，眼中闪过坚定的光芒：“全员准备战斗！彩虹海是我们的家，绝不能让它被黑暗污染！”莉娜操控星轨能量，在宇宙之心周围形成一道能量屏障；咕咚驾驶修复后的机甲，冲在最前方，绿色的生命能量炮轰向黑暗造物；影风的影域展开，将靠近的黑暗造物困住；虚空则手持银色短刀，在空间裂缝旁穿梭，试图关闭裂缝。
战斗中，麦当发现黑暗造物的核心是一颗黑色的晶体，与之前深渊要塞的能量核心相似。“攻击它们的核心！那是它们的能量来源！”麦当大喊着，平衡起源剑的七彩剑气精准地刺穿一只黑暗造物的核心，造物瞬间化作黑色雾气消散。众人立刻效仿，集中攻击黑暗造物的核心，原本汹涌的黑暗造物群开始逐渐减少。
当最后一只黑暗造物被净化时，彩虹海的空间裂缝也逐渐稳定下来。但众人并没有放松警惕，因为他们知道，这只是黑暗议会的试探性攻击，卡俄和幽影大帝一定在策划更大的阴谋。麦当握着手中的意识定位符，定位符虽然黯淡，但他能感受到麦林残留意识的鼓励。莉娜走到他身边，递给他元素星球的星图：“麦当前辈，看来我们必须提前前往元素星球了。只有找到时空导航仪，才能抵达起源星，拿到平衡之核，彻底解决维度主宰的威胁。”
麦当看着星图上元素星球的标记，又看了看身边的伙伴们，脸上露出了笑容：“无论前方有什么危险，只要我们在一起，就没有克服不了的困难。准备出发吧，目标元素星球！”“流星三号”的引擎再次爆发出金色的能量，朝着多元宇宙的边缘飞去。没有人注意到，在飞船的尾部，一道细小的黑色影子正附着在上面，那是卡俄留下的追踪器，正朝着黑暗议会的隐藏据点发送着飞船的坐标。