与流求公司分为六个公司不同，南洋公司只分为了内贸公司与南洋公司。一方面是因为两个公司的体量不一样，增长潜力也不一样。流求公司虽然一分为六，但折分出来的公司除了袋鼠大陆公司外，其余公司都是资产雄厚，人员众多，光是大小船只便接近千艘。更重要的是，这些公司所经营的区域面积都极其辽阔，不仅远超霹雳军辖区，甚至也超过大宋的疆域和忽必烈治下的面积，未来的发展空间极大。更重要的流求公司折分出的公司业务不仅是商贸，更被授权可以开矿、屯田甚至允许有大规模的武装卫队。
另一方面也是因为股权结构的原因。拆分之后，为了维持新公司的发展势头，霹雳军又进行了增资扩股，这进一步稀释了播州的股份。播州虽然地界不小，但经济发展远比不得霹雳军，更没有从新大陆运回的金银作为资本金。折分成的公司数量越多，会使霹雳军新注入的资金也越多，这会导致播州的股份更加稀释。在新的南洋公司和内贸公司之中，播州和杨嫣慈善基金会所占的比例已下降到了百分之十。这些年来，播州军跟随霹雳军南征北战，作出的牺牲甚大，霹雳军高层实在做不出杀驴卸磨之事。如果播州的股份被稀释过多，初登播州人主之位的杨邦宪，根本无法说服属下接受。
当然，即便股份下降到百分之十，播州每年的收益也不会减少，反而会增加不少。内贸公司以成都为总部，其业务范围以霹雳军控制区及周边为主，其利润虽不如海贸，但胜在稳定，这可是个超过千万人的市场。更重要的是，除了茶、盐、铁器、粮食、糖、棉等大宗物品之外，内贸公司因为邻近川西工业集群，其在销售民用工业品方面具有独天特厚的条件，工业制品根本不愁卖。往往一运抵各地，便被一抢而空。
作为霹雳军首个海外开拓的第一站，南洋地区资源富集区，更有名贵的香料出产，其众多的人口足以消化霹雳军很大一部分工业产能。要知道，南洋是流求商业营收的主要来源地，单从利润来讲就超过了拆分前的南洋公司。在此次改革中，流求公司在该地区的商业栈点、货物仓库、贸易站及当地的商业情报网络，都移交给了南洋公司。流求公司在南洋最重要的资产——星岛民用码头和货物仓库，也一并进行了划转，并作为新南洋公司的总部所在地。
对于这些情况，内贸公司的新任总经理冉忠自然清楚。为了消解误会，欧阳轩又给杨邦宪写了一封亲笔信，在信中他承诺播州的收益不仅不会下降，还会每年增长。除此之外，霹雳军还将会加大对以播州为首的苗疆在经济、教育、医疗方面的投资，以回馈苗疆人民对霹雳军事业的支持。实际上，这封信并不仅仅是给杨邦宪的，而更多是给播州各界人士看的。杨嫣也给杨邦宪写了一封信，她请弟弟转告各位父老乡亲，其慈善基金会的资金使用，也将重点投向播州和苗疆。这一方面是苗疆生产条件实在太差，实在太穷困，另一方面也是表示不忘自己是播州人氏。
商贸改革的第二项是建立中央银行，并建立金本位金融制度。金融是经济的命脉，欧阳轩深知其重要性。在流求的前期发展中，余柱按照欧阳轩的要求建立了流求银行，不仅解决了经济发展和海军建设的资金缺口，也为海外探险事业募集了大量的资金。凭着良好的信誉，流求银行还吸收了周边诸国商人和达官贵人的避险资金，数量达到了数百万银两之巨。这些来自北方汉地、大宋甚至倭国、高丽和吕宋的资金，为流求的高速发展提供了极大助力。
随着商品经济的发展，笨重的铜、铁制钱币已经不能满足交易的需要，商人们只得以金、银甚至胡椒等香料作为货币。金银本身就稀缺，又因贫富悬殊而集中在少数人手中，被锁入柜中严密看护起来，使得市场上的货币愈发稀缺，严重影响了货物交易买卖。临安朝廷的办法是印制纸币交子，初期确实解决了货币紧缺的问题。但是随着财政吃紧，腐败的朝廷便可开始了无节制地发行交子，以掠夺民间财富来弥补亏空。这使得通货膨胀严重，物价腾贵，朝廷发行的交子也变成了废纸，民间又重新使用铜、铁钱交易，甚至以物易物。
与此相反，流求银行发行的交子却成了硬通货。一方面这得益于霹雳军在商言商，信誉十分良好。即便是对来自蒙古占领区的商人，在贸易方面也是一视同仁，双方在公海上交易，霹雳军也不卖给其管制物资。另一方面也是因为霹雳军有强大的金银储备。仅成立银行以来，来自倭国和新大陆的黄金和白银数量分别达到了百万和千万两量级，而且还在源源不断的增加，足以应对任何恶意的挤兑。
霹雳军的中央银行将由流求银行改组而成，总部仍设在流求，各个行省将设立分行，在贸易频密的地区还将设立营业网点。新的金融系统的金银铜铁兑换比例实行市场浮动，官方指导价为1：10，即一两黄金兑换十两白银，一两白银兑换十两黄铜，一两黄铜兑换十两铁。在实行金本位的基础上，中央银行将印制不同面额的银行汇票和流通纸币。同时，为了进一步增强市场渗透力，还将铸造不同重量金、银、铜、铁币，作为纸币的补充。以霹雳军当下的科技水平，别人根本无法仿造这些货币。
只有余柱等少数人看懂了欧阳轩建立中央银行的高明之处。他的目的不仅仅是借发行货币，收取源源不断的“铸币税”，更重要的是还要通过银行系统，建立对临安和蒙古人的金融霸权，甚至通过货币战争，源源不断抽取敌人的资金，使敌人因失血而变得虚弱不堪。这是一个十足的阳谋，凭借的是霹雳军强大的生产能力、发达的贸易网络和海量的金银储备，还有就是战无不胜的舰队保护。蒙古人和临安朝廷即便有高人，既无法打破也无法脱离这种温水煮蛙般的渗透。断绝交易那还有无孔不入的走私贸易。
商贸改革的第三项是建立商贸业审计制度。霹雳军政府有隶属于总理直管的审计署，负责对经济事务进行审计。近年来，由于距离遥远、人员分散等困难，审计署并没有对商贸业进行审计，而只对工矿业进行了审计。随着商贸业的暴发式增长，也涌现了不少问题，其中有人负责香料群岛贸易的管理人员，被查出贪污了上万两银子，震惊霹雳军高层。为了防微杜渐，欧阳轩叮嘱余柱建立完善对商贸业的审计制度，又令李爽让议会下属的廉政公署加强对商贸业各个公司高层管理人员的监督。